消毒过程中需注意叉板与转运车辆的消毒。
个人防护——消毒人员应当穿一次性防护服、一次性使用医用口罩或一次性医用外科口罩、手套等，佩戴护目镜和面屏，一次性鞋套等，避免与货物表面接触，由于冷库温度较低，必要时需穿防寒服。
安全——操作人员要严格遵守冷库相关安全规定，在的人行通道区域内通行，必要时防护服外粘贴反光标识，定时用医用酒精进行手部消毒，消毒工作结束后在区域逐一脱掉防护用品，并放入医疗垃圾桶内处理。
二氧化氯消毒剂是国际上公认的无毒、高效的消毒灭菌剂，可以杀灭一切微生物，包括细菌繁殖体，细菌芽孢，真菌，分枝杆菌和病毒等，并且这些细菌不会产生抗药性。二氧化氯对微生物细胞壁有较强的吸附穿透能力，可有效地氧化细胞内含巯基的酶，还可以快速地抑制微生物蛋白质的合成来破坏微生物；在货物进出入库时对冷链食品等货物外包装使用250～500mg/L 的二氧化氯消毒液充分喷洒消毒，消毒作用 30 分钟。
通常使用的消毒剂包括含氯、碘的消毒剂或季铵盐溶液。尽量使用渗透性强、腐蚀性低，消毒后无需清洗的消毒剂，如双链季铵盐溶液等；含氯消毒剂对低温冷藏物品外包装消毒时使用浓度为1000mg/L，季铵盐类消毒剂对低温冷藏物品外包装消毒时使用浓度为2000mg/L。由于过氧化物类消毒剂消毒后会有药剂残留，一般在半小时后需要清水冲洗，在冷库物品外包装消毒时不建议使用，但可以用于空气消毒。