一、有机肥发酵方法
厌氧发酵：在缺氧或无氧条件下,主要利用厌氧微生物进行的堆肥化过程。终产物除腐殖质类有机物、二氧化碳和甲烷外，还有氨、硫化氢和其他有机酸等还原性物质。工艺简单、不需进行通风,但反应速率缓慢，堆肥化周期较长。
好氧发酵：在人工控制和一定碳氮比例（C/N）、水分、温度和通风的情况下，通过微生物将有机质转化为稳定的腐殖质的过程，这类堆肥无臭无蝇，反而有淡淡的泥土味。
二、有机肥发酵工艺
静态条垛堆肥：无需翻堆，能够确保堆体有效的达到高温和病原菌体灭活，缩短堆肥周期。
动态条垛堆肥：通过人工或机械定期翻堆，来确保堆体好氧状态。
反应器堆肥：在一个容器或几个容器进行，能够有效地控制温度，水分，从而监控堆肥发酵程度。
1．干燥处理.通过沉淀、离心、过滤、焚烧、絮凝等物理与化学方法对粪便进行干燥处理.
2．除臭技术.通过添加除臭剂、遮蔽剂、中和剂、吸附剂的方法对粪便进行除臭处理.
3．生物处理.主要有化粪池、好氧堆肥、厌氧发酵、生产沼气及养殖蚯蚓等方法.
可以选用的生态模式很多,其中“猪—沼—作物”生态农业模式可以在农村中广泛推广.沼气池可消化人畜粪便、生活污水、植物秸秆等废弃物,而产生的沼气可用做生产、生活燃料,同时它的剩余物沼肥又是种植业所需的优质有机肥料.通过“三沼”（沼气、沼渣、沼液）的综合利用,实现农业资源的高效利用和生态环境的改善,提高农产品质量、增加农民收入等目的.而在选择种植作物时,则应该因地制宜.鼓励多种作物间、混、套作等栽培模式,使特定作物所面临的风险小化.