随着污染物进入大气，水，或者土壤，稀释、生物转化，和化学反应等自然过程将废料转换为更易被人接受的形式，并把它们扩散到更大的体积。这些自然过程现在不用再独自完成净化的工作了，由环境工程师根据自然界自净的本质，并在遵守这个法则的基础上放大和优化而设计的处理装置可以处理大量的污染物，并且能更快地处置它们。当工程师建造高烟囱来分散和稀释大气污染物、设计生物处理装置以去除废水中的有机物，使用化学试剂来氧化和沉淀饮用水中铁和锰，或者把固体废弃物有控制地填埋在垃圾填埋场时，他们使自然界的作用体系适应于污染控制的管理体系中。有时候，环境工程师必须设计出一些与自然过程相反或相抵消的过程。例如，用来装有毒化学物质和放射性物质等危险废弃物的箱子
必须与周围环境的物资隔离，以免那些危险废弃物稀释和泄漏，对自然造成伤害。正如将要在这篇文章所表明的一样，对自然净化过程和工程净化过程的理解需要了解这些处理过程所涉及的生物学和化学反应。因此、除了精通数学，物理学和工程科学外，环境工程师也必须精通本学科领域里的化学和微生物学，这里的学科领域并非通常强调的管理课程。实际上，环境工程师对生物学和化学规律的认识的重要性正如同结构工程师必须精通静力学和材料强度一样。环境工程师独特的职责在于在生物学和技术之间架设一座桥，通过把从现代工程技术所学到的全部工艺应用到清除那些由于不加思考使用该技术而遗留下来的残骸。由于我们无视地球对重污染负荷的容纳限度和由生物圈自身的自净机制而决定的限制，对地球过分的索取和破坏，直接导致生物圈灵敏的平衡被扰乱，人类现在正处于生物圈遭受到破坏的
环境中。